Outre sa direction à Paris-Arcueil (94), le SIAé compte 5 établissements principaux (appelés « Ateliers Industriels de l’Aéronautique » ou encore « AIA »).

Ces 5 ateliers sont situés à Clermont-Ferrand (avec des antennes à Orléans, Saint-Dizier, Toul et Phalsbourg), à Bordeaux (dont le site de Croix d’Hins et une antenne à Mont-de-Marsan), à Cuers-Pierrefeu (et son antenne d’Hyères), en Bretagne (Lann-Bihoué, Lanvéoc et Landivisiau) et à Ambérieu-en-Bugey.

Ambérieu : radars sol, 3S, matériels de servitude aéronautique, métrologie

Bretagne : BAN Lann-Bihoué (ATL2, E2C)+ 2 antennes : BAN Landivisiau (Rafale) et Lanvéoc-Poulmic (hélicoptères marine : NH90, Alouette III et Dauphin, Panther) + moteurs

Bordeaux (antenne à Mont-de-Marsan) : maintenance moteurs et d’équipements associés : M88, M53, TP400, T56, MTR, Larzac

Clermont-Ferrand (antennes à Phalsbourg, Toul, Saint-Dizier et Orléans): maintenance et modernisation d’aéronefs, équipements : Rafale, M2000, A400M, C130H, Alphajet, Tigre, Puma, Gazelle

Cuers-Pierrefeu : maintenance et modernisation d’aéronefs, équipements, systèmes, radômes : ATL2, E2C, Dauphin, Panther, NH90