Dans le cadre des plans Biotox, Piratome (risques nucléaire, radiologique, biologique, et chimique NRBC), d'origine accidentelle ou provoquée, le SSA participe au réseau d'alerte épidémiologique, prend une part active dans le réseau de laboratoires et apporte des compétences techniques pour les expertises et l'élaboration des fiches et protocoles thérapeutiques et vaccinaux. Le service de santé des armées assure, grâce à ses infrastructures spécialisées, l'accueil et le traitement des patients contaminés.

La SSA peut être appelé à intervenir pour la mise en œuvre d'une campagne de vaccinations massives. Ce fut le cas en 2009 lors de la pandémie grippale H1N1: après avoir vacciné les militaires des trois armées, en France et sur les théâtres d'opérations, puis le personnel volontaire du ministère de la défense et les gendarmes, médecins et infirmiers militaires ont renforcé les centres de vaccination civils. Outre-mer, les équipes médicales ont contribué à la vaccination des Français de l'étranger.

Production de comprimés

La pharmacie centrale des armées (PCA), outre son action dédiée au ministère de la Défense, est autorisée par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (AFSSaPs) à fabriquer des médicaments répondant à des besoins spécifiques : comprimés d'iode distribués aux personnes résidant autour des centrales nucléaires, constitution du stock national d'Oseltamivir-PG, comprimés antiviraux distribués en cas de pandémie grippale.