Les FAG exercent des missions de soutien de l’action de l’Etat et contribuent aux missions de souveraineté. A ce titre, elles garantissent la protection du territoire national, contribuent au maintien de la sécurité dans la zone de responsabilité permanente unique Caraïbes (ZRP) et participent à la préservation des intérêts de la France notamment via la sécurisation du centre spatial guyanais (opération Titan).

Principal point d’appui du théâtre « Caraïbe » avec les FAA, les FAG sont plus particulièrement engagées dans la lutte contre les trafics illégaux, la pêche illégale, le pillage des richesses halieutiques et l’orpaillage clandestin (opération Harpie). Le cas échéant, elles sont en mesure de conduire, d’appuyer ou de participer à un déploiement opérationnel dans la zone considérée (exercice multinational, opération de secours d’urgence, intervention en cas de catastrophe naturelle, etc.).

Enfin, les FAG constituent un environnement privilégié pour l’entraînement des forces grâce au centre Centre d’entraînement en forêt équatoriale (CEFE). Mis œuvre par le 3e REI, il participe à la préparation opérationnelle des forces, mais également à la mission de coopération régionale et internationale. Situé à Régina, sur les bords de l’Approuague, le CEFE est la référence française dans le domaine du combat en forêt équatoriale, et l’une des quatre « écoles de la jungle » reconnues internationalement. Il a pour but d’entraîner, instruire, aguerrir les unités françaises et étrangères qui participent aux différents stages (aguerrissement, spécialisation forêt, combat, etc.). Il dispose pour se faire d’un encadrement d’instructeurs et d’aide-moniteurs forêt hautement qualifiés. Créé en 1986, le CEFE a déjà accueilli plus de 35 000 stagiaires.

Le COMSUP FAG dispose d’un état-major interarmées et commande 2 100 militaires des trois armées ainsi que 200 civils de la Défense.

Les forces armées en Guyane sont constituées d’éléments de :

- l’armée de Terre

• le 9e RIMa (régiment d’infanterie de marine), implanté à Saint-Jean et Maripasoula ;
• le 3e REI (régiment étranger d’infanterie), implanté à Saint-Georges et Camopi ;

- la Marine Nationale

La base navale de Dégrad des Cannes avec :

• deux patrouilleurs P700 Antilles Guyane ;
• deux vedettes côtières de surveillance maritime de la gendarmerie maritime ;
• une embarcation relève-filets (ERF) ;

- l’armée de l’Air

La base aérienne 367 Capitaine François Massé qui comporte 3 emprises :

• la plateforme de Cayenne-Matoury co-localisée avec l’aéroport international Félix Eboué où sont stationnés les moyens aériens de l’escadron de transport 68 Antilles Guyane  (cinq Puma, quatre Fennec et trois Casa CN235) ;
• le centre de contrôle militaire (CCM) situé dans l’enceinte du centre spatial guyanais (CSG) à Kourou ;
• le site radar du Mont Venus.

La base de défense (BdD) des FAG, créée en janvier 2011, assure les missions de soutien commun au profit des organismes, directions et unités opérationnelles du ministère de la défense stationnés en Guyane. Le soutien commun et l’administration générale sont assurés par la direction du commissariat de l'outre mer (DICOM) et le groupement de soutien de la base de défense (GSBdD) Guyane.

La France met en œuvre un service militaire adapté (SMA) avec un régiment à Saint-Jean du Maroni et une antenne installée à Cayenne, au Camp du Tigre. Il a pour mission de former les jeunes Guyanais volontaires.  Le RSMA est placé sous les ordres directs du COMSUP uniquement en cas de réquisition du Préfet, dans le cadre d’un protocole et du contrat opérationnel.

Opération Titan : au sein d’un dispositif interarmées, lui-même intégré dans un dispositif interministériel, environ 50 militaires surveillent en permanence les abords du CSG. Cet effectif atteint près de 350 militaires lors des phases de transfert ou de lancement (quatre à cinq jours par mois). Il peut atteindre, en cas de lancement sensible, jusqu’à 400 militaires.

Opération Harpie : lancée officiellement par le Président de la République en février 2008, Harpie est une opération interministérielle de grande envergure. Elle est menée conjointement par les forces de l’ordre (police aux frontières,  gendarmerie) et les FAG. Placée sous l'autorité du préfet et du procureur de la République pour la partie judiciaire, elle vise à éradiquer l’orpaillage illégal.

Opération Polpêche : la mission de police des pêches des FAG s’inscrit dans un cadre interministériel associant d’autres services de l’Etat (affaires maritimes, douanes et gendarmerie). L’action des FAG et plus particulièrement centrée sur l’observation des activités de pêches, l’interrogation de navires de pêche, la vérification des journaux de bord, la vérification des engins de pêche et le contrôle des maillages, l’appréhension des navires, matériels et produits de la pêche.