Les missions génériques des forces de souveraineté sont : protéger le territoire national, défendre la souveraineté de l'État dans ses eaux territoriales et sa zone économique exclusive, soutenir l'action des services de l'État dans les collectivités territoriales d'outre-mer, favoriser la coopération militaire bilatérale avec les pays de leur zone de responsabilité.

Par ailleurs, le dispositif actuel est flexible et prend en compte les enjeux propres à chacun de ces territoires éloignés.