Force de souveraineté et force de présence dans une zone de responsabilité permanente aux élongations importantes, les FAZSOI remplissent un large panel de missions qui sollicitent les capacités des trois armées :

• des missions de souveraineté dans la ZRP des FAZSOI en maintenant une présence permanente sur les îles Eparses Europa, Juan de Nova et Glorieuses, en assurant des missions de police des pêches, de recherche et de sauvetage en mer, de lutte contre la piraterie et de surveillance des approches maritimes ;
• des missions de la surveillance et de la protection de la navigation commerciale et des intérêts français dans la ZEE ;
• des missions d’assistance aux populations en cas de catastrophe naturelle en complément des capacités et des actions au sol des services spécialisés de l’Etat ;
• des missions de formation au centre d’aguerrissement tropical de la Réunion (CATR) du 2e RPIMa et au centre d’instruction et d’aguerrissement nautique (CIAN) du DLEM ;
• l’organisation d’activités de coopération régionale ;
• la conduite ou la participation à une opération militaire dans un environnement national ou multinational dans la zone.

Le COMSUP FAZSOI dispose d’un état-major interarmées et commande 1 600 militaires et plus de 300 civils de la Défense

Les forces armées dans la zone sud océan Indien sont composées d'unités des trois armées :

- l’armée de Terre avec :

• le 2e régiment de parachutistes d’infanterie de Marine (2e RPIMa), implanté à Pierrefonds à Saint-Pierre (La Réunion) ;
• le détachement de Légion étrangère de Mayotte (DLEM), basé à Dzaoudzi (Mayotte) ;

 - la Marine nationale avec :

 A La Réunion:

• la base navale de Port des Galets, qui assure le soutien des bâtiments affectés à La Réunion et constitue leur port d’attache 
• un bâtiment multi-missions : le « Champlain »
• deux frégates de surveillance : le « Nivôse » et le « Floréal », embarquant un hélicoptère Panther (aéronef présent et ayant ses locaux techniques basés sur le Détachement air 181) ;
• un patrouilleur polaire : « L’Astrolabe », appartenant aux TAAF ;
• un patrouilleur : le « Malin »

A Mayotte:

•  la base navale de Mayotte, dont la mission principale est d’assurer la permanence de la lutte contre l’immigration clandestine, assure le soutien des bâtiments affectés à Mayotte et constitue leur port d’attache ;
• deux vedettes côtières de surveillance maritime : le Verdon et l’Odet ;
• un intercepteur semi-rigide : le Vetiver 
• un chaland de transport de matériel : le CTM13 ;
• un remorqueur pousseur de 10 tonnes : le Morse.

- l’armée de l’Air avec un détachement air, le DA 181, co-localisé avec l’aéroport international « Roland Garros » de La Réunion, et comprenant une unité navigante : l’escadron de transport (ET50), équipé de deux avions de transport Casa.

La base de défense des FAZSOI, créée en janvier 2011, assure les missions de soutien commun au profit des organismes, directions et unités opérationnelles du ministère de la Défense stationnés à La Réunion et à Mayotte. Le soutien commun et l’administration générale sont assurés par le Groupement de Soutien de la Base de Défense La Réunion - Mayotte (GSBdD).

La France met en œuvre un service militaire adapté (SMA) avec un régiment à La Réunion (RSMA-R) et un groupement à Mayotte (GSMA-M). Leur mission consiste à former les jeunes Réunionnais et Mahorais volontaires. Le RSMA est placé sous les ordres directs du COMSUP uniquement en cas de réquisition du Préfet, dans le cadre d’un protocole et du contrat opérationnel.

Les FAZSOI font partie des forces de souveraineté françaises basées sur les territoires d’outremer. A ce titre, elles contribuent à l’exercice de la souveraineté française et à la préservation des intérêts de la France dans cette région.

Le commandement des forces armées dans la zone sud de l’océan Indien est assuré par un officier général (COMSUP FAZSOI) qui occupe également la fonction de commandant de la base de défense (COMBdD) La Réunion – Mayotte. A Mayotte, le commandant militaire (COMILI), chef de corps du détachement de Légion étrangère de Mayotte (DLEM), représente le COMSUP FAZSOI auprès du préfet.

La zone de responsabilité permanente (ZRP) des FAZSOI comprend 14 pays (10 pays d’Afrique australe et 4 pays de la commission de l’océan Indien). Elle se caractérise par la présence de 11 îles, notamment celles appartenant aux terres australes et antarctiques françaises (TAAF), avec une présence permanente sur les îles Eparses : Juan de Nova, Europa et les îles Glorieuses.

Le COMSUP FAZSOI est placé sous l'autorité du chef d'état-major des armées (CEMA) dont il est le représentant local. Son autorité s'exerce sur l'ensemble des formations des trois armées et des directions et services communs qui sont affectés dans sa zone.