L'état-major de la cyberdéfense a pour missions :

• Les opérations de cyberdéfense : le commandement de la cyberdéfense conçoit, planifie et conduit des opérations militaires de cyberdéfense ; il a également la charge de la protection et la défense des systèmes d'information du ministère des Armées à l'exclusion de ceux de la direction générale de la sécurité extérieure (DGSE) et de la direction du renseignement et de la sécurité de la défense (DRSD).
• La stratégie de cyberdéfense : le commandement de la cyberdéfense coordonne les contributions des armées et organismes interarmées à la politique nationale et internationale de cyberdéfense, notamment pour l'élaboration et la mise en œuvre des plans de coopération. Il s’assure également de la cohérence du modèle de cyberdéfense du ministère et sa coordination générale.
• Le capacitaire : le commandement de la cyberdéfense contribue à l'élaboration de la politique des ressources humaines de cyberdéfense, à la coordination de la définition des besoins techniques spécifiques de cyberdéfense et au développement et à l’animation de la réserve de cyberdéfense.