Conformément à la décision n° 023907 du 14 décembre 2001, le BEA-É a été créé le 1er septembre 2002 sur la base aérienne 217 de Brétigny. Il a pour mission de mener, à compter du 1er janvier 2003, les enquêtes de sécurité lors d’accidents ou d’incidents aériens graves survenant à un aéronef conçu exclusivement à usage militaire, ou exploité en circulation aérienne militaire, ou à un aéronef appartenant à l’État ou à un État, et qui n’est pas inscrit au registre d’immatriculation de l’aviation civile.

Le champ d’action interministériel du BEA-É permet le partage de la culture de la sécurité des vols avec :

• le ministère des armées (aéronefs relevant de l'armée de l'Air et de l'Espace, de l'armée de Terre, de la Marine nationale et de la Direction générale de l'armement)
• le ministère de l’intérieur (moyens aériens de la direction générale de la gendarmerie nationale ainsi que de la direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises)
• le ministère de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique (aéronefs de la direction générale des douanes et des droits indirects)