Le BEA-É est chargé de conduire les enquêtes de sécurité au profit des sept autorités d’emplois opérant des aéronefs dans le cadre des missions d’État. Le champ d’action interministériel du BEA-É permet le partage de la culture de la sécurité des vols avec le ministère des armées, le ministère de l’intérieur (moyens aériens de la direction générale de la gendarmerie nationale et de la direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises) et le ministère de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique (aéronefs de la direction générale des douanes et des droits indirects).

Le BEA-É conduit en toute indépendance des enquêtes également au profit :

• des aéronefs étrangers concernés par un évènement survenu en France
• des aéronefs de tous types non immatriculés à l'OACI (prototype, vol de réception)
• des avions ou hélicoptères affrétés par l'État français
• des opérations de largage, de contrôle aérien et d'armement embarqué dans le cadre d'une activité de défense lorsque l'aéronef ou son équipage peuvent être identifiés parmi les causes

Les enquêtes de sécurité conduites par le BEA-É aboutissent à la publication de rapports qui s'inscrivent dans une démarche permanente de prévention des accidents, sans détermination de fautes ou de responsabilités. L'objectif consiste à identifier les causes d’un événement et à formuler des recommandations de sécurité.