Il s’engage comme soldat le 1er décembre 2004 au 1er régiment d’infanterie de marine. Il y fait preuve de remarquables qualités militaires dès le début de sa formation. Endurant et dynamique, il se positionne immédiatement parmi les meilleurs et obtient la distinction de 1re classe en décembre 2005. Il effectue alors sa 1re opération extérieure en République de Côte d’Ivoire et se distingue par son professionnalisme. Promu caporal le 1er juin 2007, il poursuit sa formation militaire et obtient ses qualifications de pilote d’engin blindé en janvier 2008. Il est alors projeté au Sénégal où il démontre à nouveau au quotidien sa grande motivation. Ses qualités humaines et sa volonté d’être toujours au meilleur niveau font de lui un élément moteur. Soldat de grande valeur, il obtient brillamment, en 2009, ses qualifications de chef de patrouille.  

Remarqué pour ses excellentes qualités physiques et son goût du sport, il s’oriente ensuite vers la filière entrainement physique militaire et sportif (EPMS).  

Le 1er janvier 2011, il est muté au centre de formation initiale des militaires du rang (CFIM) de la 3e brigade mécanisée (3e BM) à Angoulême, où il exerce en tant qu’aide-moniteur EPMS. Il est promu caporal-chef au mois de juillet de la même année.  

Manifestant un fort potentiel et de réelles aptitudes au commandement depuis le début de sa carrière, il rejoint alors le corps des sous-officiers et est promu sergent le 1er février 2012. Il assume alors les fonctions de moniteur EPMS. Cherchant toujours à se perfectionner, il obtient en 2013 une qualification de moniteur de techniques d’interventions opérationnelles rapprochées (TIOR), puis une qualification en escalade.  

Après un peu plus de deux ans à servir au CFIM de la 3e BM, l'adjudant Emilien Mougin est muté le 1er août 2013 au 1er régiment de Spahis à Valence. En 2014, il obtient son brevet de moniteur commando. Il est ensuite projeté pour une nouvelle mission, en 2015, en République de Côte d’Ivoire. Il prend part, dès l’année suivante, à la mission SANGARIS en République centrafricaine. Au cours de cette mission, il assure la protection rapprochée du général commandant la force. Pour cette mission, il reçoit un témoignage de satisfaction du niveau de la brigade. 

Début 2018, l'adjudant Emilien Mougin est projeté dans le groupement tactique désert blindé, dans le cadre de l’opération BARKHANE. Le 21 février matin, alors que le groupement est engagé dans des opérations de contrôle de zone, le véhicule blindé léger dont il est le chef de bord est frappé par un engin explosif improvisé dans la région de Ménaka au Mali. Le sergent-chef Mougin meurt au combat, des suites de cette explosion. 

Titulaire de deux lettres de félicitations, décoré de la médaille outre-mer avec l’agrafe « République de Côte d’Ivoire et République centrafricaine », de la médaille de la défense nationale échelon or avec les agrafes « Troupes de marine » et « Missions d’opérations extérieures », il reçoit le titre de reconnaissance de la Nation et la croix du combattant le 25 février 2015.

Agé de 31 ans, pacsé et père de deux enfants, l'adjudant Emilien Mougin est mort dans l’accomplissement de sa mission, au service de la France.