Structure unique en son genre parmi les forces prépositionnées, le CMCIA est disponible en permanence au profit des forces françaises et des familles des FFDJ présentes sur le territoire. Construit en 2016 sur la BA188, le centre médical offre un large panel de soins : médecine générale, radiographie, chirurgie, urgences, dentaire, laboratoire, etc. La cinquantaine de militaires d’active ou de réserve et de personnel djiboutien qui y travaille assure le soutien médical de près de 3 000 personnes dont 700 enfants. En 2021, le CMCIA a réalisé 4 000 consultations de médecine générale et 80 urgences/consultations non programmées par semaine

Les équipes médicales, composées de médecins des forces, d’infirmiers et d’auxiliaires sanitaires, pratiquent la médecine générale appliquée à la spécificité militaire : traumatologie, maladies tropicales et médecine aéronautique. Le CMCIA assure également le soutien des activités à risques des militaires des FFDJ (école du désert, séquences de tirs, etc.). Les équipes médicales sont disponibles en tout temps pour évacuer les victimes par voie aérienne ou terrestre, du terrain vers le CMCIAA : en moyenne, 30 évacuations ont lieu par an.

L’expertise du CMCIA est mise à profit des forces partenaires de l’Union européenne, espagnoles, italiennes mais aussi japonaises et américaines. Le centre est également ouvert sous certaines conditions à une patientèle civile dans le cadre du respect du parcours de soin. Par ailleurs, il reçoit régulièrement des stagiaires civils et militaires djiboutiens, réalise des échanges de pratiques avec les médecins militaires du pays et participe à des journées scientifiques franco-djiboutiennes. Point d’appui stratégique dans la Corne de l’Afrique, la base opérationnelle avancée de Djibouti doit être disponible en tout temps pour tous les militaires affectés ou en transit dans la région par voie aérienne ou maritime.

La présence des 1 450 militaires des Forces françaises stationnées à Djibouti (FFDj) est encadrée par un traité de coopération en matière de défense signé en 2011. La base opérationnelle avancée (BOA) des FFDj offre aux armées un point d’appui stratégique dans la Corne de l’Afrique, une situation centrale entre le continent africain et l’espace indopacifique. Véritable réservoir de forces, les FFDj participent à la défense des intérêts français dans la zone de responsabilité permanente (ZRP) du COMFOR, au soutien des opérations sur le continent et dans l’océan Indien, tout en conduisant des actions de coopération militaire au profit des forces armées djiboutiennes et des pays de la ZRP en vue de consolider leurs capacités militaires, notamment dans le cadre de leur participation aux opérations de maintien de la paix.