Le Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées (CESPA) identifie les risques sanitaires, naturels ou intentionnels, sur les théâtres d'opérations, en cours ou envisageables, et recherche des solutions adaptées pour préserver la santé individuelle des militaires et le maintien de la capacité opérationnelle.

Pour l'hygiène des camps militaires et les approvisionnements en ressources vitales (aliments, eau...) sur les théâtres d'opération, médecins et vétérinaires militaires conseillent le commandement. Ils prennent en compte les effets collatéraux des armes - y compris lors d’actions terroristes - sur les animaux, les ressources alimentaires et l’eau.

Les vétérinaires participent bien évidemment à la prévention des zoonoses et des épizooties. Dans le cadre des actions au bénéfice des populations civiles, ils soignent le cheptel local. Il s'agit aussi d'un moyen de recueillir des informations épidémiologiques pour éviter l’introduction d’agents pathogènes dans des zones indemnes, notamment lors du retour des forces en métropole.