Le PC-AEM exploite les données de quatre radars du ministère de l'Intérieur déployés sur l’île. Ces radars permettent de dresser une image tactique en temps réel des eaux intérieures et de la mer territoriale de Mayotte. Grâce à cette couverture précise, le PC-AEM coordonne les interventions des intercepteurs de la Gendarmerie nationale et de la police aux frontières dans le cadre de la mission LIC/Mer, garantissant ainsi une capacité d'intervention en mer permanente et réactive. Ce dispositif est renforcé par deux vedettes côtières de la Gendarmerie maritime, opérant sous le commandement tactique de la base navale.

Pour compléter cette surveillance, des vecteurs aériens sont mobilisés. Qu’il s’agisse d’hélicoptères de la gendarmerie, d’avions légers de surveillance sous contrat avec la préfecture ou encore des moyens du ministère des Armées tels que le détachement F50M ou CASA des forces armées dans la zone sud de l’océan Indien, chaque appareil contribue à l’efficacité du dispositif en détectant et discriminant les menaces potentielles à distance.

En plus des enjeux migratoires auxquels le département fait face, la chaîne de l’action de l’État en mer se mobilise quotidiennement contre d’autres défis tels que les trafics de drogue, la pêche illégale et la contrebande. Une vigilance constante et une coordination renforcée permettent de répondre à ces multiples enjeux en mer, garantissant ainsi la sécurité maritime du territoire.

Les Forces armées dans la zone sud de l'océan Indien (FAZSOI) remplissent un large panel de missions dans une zone de responsabilité permanente aux élongations importantes. Depuis Mayotte et La Réunion, plus de 1 700 militaires garantissent la protection de la population, protègent les zones économiques exclusives, luttent contre la piraterie ainsi que les trafics illicites. Les FAZSOI appuient fréquemment les missions de l'action de l'État en mer et mettent en œuvre les partenariats militaires de la France avec des pays d'Afrique australe et du sud de l'océan Indien.