En temps de paix, les greffiers militaires exercent leurs missions dans les juridictions de droit commun spécialisées en matière militaire (huit en métropole et une outre-mer), les états-majors (neuf en métropole, un en outre-mer et un à l’étranger), en administration centrale et au dépôt central d'archives de la justice militaire.

En temps de guerre, ils ont vocation à armer les tribunaux militaires éventuellement rétablis.

Les greffiers militaires sont des auxiliaires de justice

« Les officiers greffiers et les commis greffiers du service de la justice militaire exercent, au sein des juridictions des forces armées comme au sein des juridictions spécialisées en matière militaire, les attributions qui leurs sont dévolues par le code de justice militaire ».

À ce titre, ils : 

• assistent le juge d'instruction et tiennent la plume aux audiences,
• assistent le juge dans les actes de sa juridiction et authentifient les actes juridictionnels,
• rédigent des projets de réquisitoires et de décisions selon les indications des magistrats.

Les greffiers militaires sont des militaires à part entière

Les officiers greffiers et les sous-officiers commis-greffiers du service de la justice militaire exercent également des fonctions en administration centrale et au sein des états-majors des différentes armées.

À ce titre, ils :

• Participent, sous l'autorité de magistrats du corps judiciaire détachés auprès du ministère des Armées, à l'élaboration et au suivi des avis et dénonciations émis par le ministre des Armées en application de l'article 698-1 du code de procédure pénale.
• Contribuent à l'élaboration et au suivi des décisions relatives à la levée du secret de la Défense nationale.
• Remplissent une fonction-étude et une fonction-conseil en ce qui concerne l'élaboration, la réformation ou l'application de nouvelles normes juridiques applicables aux armées dans le domaine pénal.
• Assistent les chefs de corps et responsables de formations militaires dans le signalement, le traitement et le suivi des infractions purement militaires.
• Conseillent ces mêmes responsables, en liaison avec les services de la chancellerie, dans le traitement pénal, statutaire et disciplinaire d'une même affaire.
• Veillent à préserver l'intégrité et la pérennité du système de justice militaire qui serait rétabli en cas de guerre ou en état de siège. 
• Assurent, enfin, la gestion et l'administration des formations du service de la justice militaire.

Les greffiers militaires disposent d'un statut particulier prévu par le décret n° 2008-930 du 12 septembre 2008 portant statuts particuliers des corps d'officiers greffiers et de commis greffiers du service de la justice militaire.

Les commis greffiers sont recrutés parmi les sous-officiers et officiers mariniers des armées, des services, des formations rattachées et de la gendarmerie nationale âgés de 43 ans au plus et ayant accompli au moins cinq ans de service militaire, dont trois en qualité de sous- officier (au 1^er janvier de l'année où ils passent le concours). Après avoir réussi la pré-sélection, ils suivent un stage de formation de neuf mois tant à l’École nationale des greffes de Dijon (formation métier) qu’à la division des affaires pénales militaires à Paris (spécialisation militaire), agrémenté de stages en juridictions. Ce cursus de formation les prépare aux épreuves du concours qui ont lieu fin mai de chaque année. Les lauréats intègrent le corps des commis greffiers du service de la justice militaire avec le grade de commis greffier de 2^e classe (adjudant, échelle 4, de carrière).

Ils ne peuvent pas faire acte de candidature plus de trois fois aux épreuves de pré-sélection et plus de deux fois au concours.

Les officiers greffiers sont exclusivement recrutés, sur proposition d'une commission dédiée, parmi les commis greffiers de 1^re classe (adjudant-chef) qui en ont fait la demande et réunissent, au 1^er janvier de l'année de leur nomination, au moins neuf ans d’ancienneté au sein du service de la justice militaire.

Les intéressés doivent être âgés, à cette même date, de 47 ans au plus et ne peuvent pas faire acte de candidature plus de trois fois.

Particularité de la hiérarchie des grades des greffiers militaires : le corps des sous-officiers ne compte pas de grade de major et la hiérarchie des officiers greffiers débute au grade d’officier greffier de 2^e classe (lieutenant) et s’achève au grade d'officier greffier en chef (lieutenant-colonel).