L’ET 43, plus ancienne unité de la base aérienne 106, y est implanté depuis sa création en décembre 1944. En 1974, elle reçoit le nom de tradition « Médoc ». En 1978, parrainée par la ville de Pauillac, elle devient escadron de liaison 43 « Médoc » puis, en 1983, escadron de transport et d’entraînement 43 « Médoc ». En 2005, l’unité devient escadron de transport mixte « Médoc » pour officialiser l’arrivée d’hélicoptères Fennec. En 2009, après le départ des Fennec, l’unité est dotée exclusivement de TBM700 et reçoit l’appellation actuelle d’escadron de transport 43 « Médoc ». Grâce à ses très bonnes performances et à sa polyvalence, le TBM700 est capable d’atterrir sur des pistes courtes et d’effectuer des croisières longue durée à haute altitude et grande vitesse, quelles que soient les conditions météorologiques.

En 2005, l’unité accueille en son sein l’escadrille d’instruction des équipages (EIE) TBM700, chargée de la formation initiale et qualifiante des pilotes de l’armée de l’Air et de l’Espace sur TBM700. Depuis 2006, l’EIE TBM700 délivre, en plus des qualifications militaires, certaines qualifications civiles afin d’harmoniser les pratiques et de faire reconnaître la qualité de ses formations. De plus, l’EIE TBM700 participe à l’élaboration de toute la documentation officielle technique et d’exploitation du TBM700 pour les équipages de l’armée de l’Air et de l’Espace (check-lists, listes minimales d’équipements, manuels de travail en équipage, guide des pannes, supports de cours, livrets de formation…). Enfin, cette escadrille a repris, depuis le mois de juillet 2016, les traditions de l’escadrille de liaison aérienne (ELA) 44 « Mistral ».

En 2017, à la fermeture de l’escadron de convoyage de la BA 123 d’Orléans-Bricy, l’ET 43 se voit confier la mission de convoyage au profit de la Brigade aérienne de l’aviation de chasse (CFA/BAAC). À ce titre, elle est dotée d’un TBM700 supplémentaire, portant son parc à six aéronefs.

L’escadron compte actuellement quatorze pilotes, cinq agents administratifs et 30 mécaniciens. Ces derniers assurent la remise en œuvre des aéronefs de l’unité et effectuent certaines opérations de dépannage. Ils sont également chargés du soutien logistique au profit des Fennec de l’escadron d’hélicoptères 05.067 « Alpilles » dévolus à la permanence opérationnelle dans le cadre de la posture permanente de sûreté aérienne et délocalisés de la BA 115 d’Orange vers la BA 106.

En 2020, l’ET 43 « Médoc » a totalisé 2 150 heures de vol, dont 650 dédiées à la formation, 350 au convoyage au profit du CFA/BAAC, et 1 150 au transport d’autorités ou de personnel militaire sur toutes les bases aériennes ou aérodromes civils de France, d’Europe et d’Afrique.