L'épidémie de grippe A(H1N1) a été déclarée pandémie par l'OMS en juin 2009. Dès l'apparition de la pandémie, le Service de santé des armées (SSA) a mis en place une organisation spécifique articulée autour de cellules de crise dédiées.
Présent dans toutes les réunions interministérielles, le SSA était représenté jusqu'au niveau des préfectures de département, chargées de la mise en oeuvre du "plan national pandémie grippal". Depuis l'apparition de la grippe aviaire en 2006, le service de santé des armées est un acteur majeur dans le domaine du ravitaillement, participant au stockage des masques de protection et à la fabrication d'antiviral (oseltamivir PG).
La vaccination des personnels soignants militaires a commencé dans les hôpitaux d'instruction des armées, comme dans tous les établissements de santé, le 20 octobre 2009. Le SSA a organisé la vaccination des militaires des trois armées, en France et sur les théâtres d'opérations, puis du personnel volontaire du ministère de la défense. Dans le même temps, il a vacciné les gendarmes volontaires dans le cadre de la campagne interne mise en place par le ministère de l'Intérieur.
A partir du 1er décembre 2009, médecins et infirmiers militaires ont renforcé les centres de vaccination civils, réalisant plus 8 000 vacations d'une demi-journée. Outre-mer, les équipes médicales ont contribué à la vaccination des Français de l'étranger.