Le Service de santé des armées (SSA) est organisé en deux grands ensembles :
Le fonctionnement du service de santé des armées est organisé autour d' une direction centrale, de six directions régionales sur le territoire métropolitain et de sept directions outre-mer.
Le SSA est dirigé par un médecin général des armées subordonné au chef d'état-major des armées et responsable devant le ministre de la Défense de la gestion du Service.
Le directeur central est entouré d'inspecteurs techniques et de consultants nationaux, chargés de le conseiller dans les différents domaines de l'activité médicale, pharmaceutique, vétérinaire et administrative.
Les organismes qui assurent les missions communes du soutien santé sont directement rattachés au directeur central :