Sous l'autorité du chef d'état-major des armées, le service de santé des armées remplit une double mission, prioritairement au profit des armées et de la gendarmerie, mais aussi dans le domaine de la santé publique. Il participe notamment à la gestion des risques, comme la pandémie grippale.
Le parc hospitalier militaire participe à l'offre publique de soins puisque les neufs hôpitaux d'instruction des armées sont ouverts à tous les assurés sociaux. Ils accueillent même les patients sans lien avec le ministère de la défense, adressés par leur médecin traitant dans le cadre du parcours de soins coordonné.
Assimilés par le ministère de la Santé à des centres hospitaliers et universitaires, ces hôpitaux sont des établissements polyvalents de soins pour adultes. Ils se soumettent aux procédures de certification de la santé publique.
Sous l'autorité de l'état-major des armées, les établissements hospitaliers militaires contribuent aux plans gouvernementaux de secours mis en oeuvre pour faire face à un afflux de victimes : plans canicule, pandémie grippale, Biotox.
Les hôpitaux militaires ont également des centres spécialisés comme l'hôpital Clermont-Tonnerre à Brest, qui dispose d'un centre de compétences pour les maladies neuromusculaires rares.
La pharmacie centrale des armées (PCA), outre son action dédiée au ministère de la défense, est impliquée dans les missions de service public. Elle est autorisée par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (AFSSaPs) à fabriquer des médicaments répondant à des besoins spécifiques. Ainsi, la PCA produit les comprimés d'iode distribués aux personnes résidant autour des centrales nucléaires. A la demande du ministère de la santé, elle participe à la constitution du stock national d'Oseltamivir-PG, comprimés antiviraux distribués en cas de pandémie grippale.
Le centre principal d'expertise du personnel navigant, situé à Clamart (Hauts-de-Seine), assure la sélection et la surveillance médicale du personnel navigant militaire et d'une part importante de celui de l'aéronautique civil.
Le SSA est aussi engagé auprès d'autres départements ministériels, notamment :
Des praticiens militaires contribuent au fonctionnement de l'institution nationale des Invalides et des instituts Pasteur outre-mer. Ils assurent aussi le soutien des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF).
Le SSA apporte une contribution conséquente aux différents plans d'urgence gouvernementaux destinés à faire face aux risques nucléaire, radiologique, biologique, et chimique, d'origine accidentelle ou provoquée.
Dans le cadre du plan Biotox, plan national de réponse à un risque biologique, comme une réintroduction délibérée de variole, le service de santé des armées :
Dans le cadre du plan Piratome, plan national de réponse aux risques nucléaire et radiologique, le service de santé des armées par l'intermédiaire des spécialistes du service de protection radiologique des armées (SPRA) et de ceux de l'Institut de recherche biomédicale (IRBA)-Antenne de La Tronche (près de Grenoble) et avec les moyens de la pharmacie centrale des armées (PCA) :
Il assure l'accueil et le traitement des blessés radio-contaminés.
Dans le cadre du plan Piratox, plan national de réponse au risque chimique, le service de santé des armées assure, grâce à ses infrastructures spécialisées, à l'accueil et le traitement des patients contaminés chimiques.