Les missions confiées aux forces de l’opération Atalante se déclinent en trois volets :
Fournir une protection aux navires affrêtés par le PAM,
Protéger les navires marchands,
Recourir aux moyens nécessaires pour dissuader, prévenir et intervenir afin de mettre fin aux actes de piraterie ou aux vols à main armée qui pourraient être commis dans les zones où ceux-ci s’exercent.