La DPSD contrôle les mesures de protection du secret de la défense nationale prises par les organismes du ministère et par les entreprises liées par contrat avec la défense. Il s'agit de la protection des informations, du matériel et des installations sensibles.
Elle contribue aussi à la protection du patrimoine scientifique et technique et participe à l'élaboration de la réglementation afférente.