L’organisation de la DPSD comprend une direction centrale, implantée au fort de Vanves à Malakoff et des entités de taille variable réparties sur le territoire national (métropole et outre-mer) et auprès des forces françaises stationnées à l’étranger.
La DPSD a engagé une profonde mutation contribuant à la modernisation du ministère qui prend en compte le nouvel environnement de sécurité et les nouvelles responsabilités de la DPSD désormais membre du Conseil National du Renseignement.
Cette modernisation tient compte des modifications de la carte des implantations militaires avec notamment la création des bases de défense et du maillage administratif de l’Etat. Le besoin de proximité avec les industries de défense et les unités militaires reste central.
En 2014, la DPSD comptera 48 emprises et 1130 personnels. La réduction des effectifs est rendue possible notamment par la centralisation des fonctions habilitation et analyse et la rationalisation des fonctions soutien.