Le traité de Lisbonne, entré en vigueur le 1er décembre 2009 renforce les moyens et la cohérence à la Politique de Sécurité et de Défense Commune [PSDC]. L'unanimité est toutefois conservée en matière de PSDC et l'adoption d'actes législatifs reste exclue (art. 24 TUE). Selon l'article 42 TUE, la politique de l'Union dans ce domaine n'affecte pas le caractère spécifique des politiques de défense des États membres et respecte leurs obligations à l’égard de l'OTAN.
Le traité réaffirme l'ambition d'une émergence progressive d'une politique de défense commune, et un certain nombre d'innovations sont apportées. Le traité de Lisbonne dote l'Union européenne des outils nécessaires pour déployer ses missions et des opérations de manière plus efficace et apporte davantage de flexibilité et de coordination au sein des institutions.
L'élargissement des missions
Le traité de Lisbonne élargit le spectre de l'action de l'Union européenne en matière de PSDC. En effet, les missions de Petersberg, qui définissent le cadre de l'action de l'UE dans la gestion des crises (comprenant initialement les missions humanitaires et d'évacuation, les missions de maintien de la paix et les missions de forces de combat pour la gestion de crise y compris les missions de rétablissement de la paix) sont étendues aux actions conjointes en matière de désarmement, aux missions de conseil et d'assistance en matière militaire, aux missions de prévention des conflits et de maintien de la paix et aux opérations de stabilisation à la fin des conflits.
Le traité indique en outre que «toutes ces missions peuvent contribuer à la lutte contre le terrorisme», y compris si elles impliquent un soutien à des pays tiers pour combattre le terrorisme sur leur territoire (art 43 TUE). De plus, le financement de ces missions est facilité par la création d'un fonds de lancement abondé par les contributions des États membres.
Une vision intégrée de la gestion des crises
Avec le traité de Lisbonne Politique de sécurité et de défense, désormais "commune", bénéficie de la mise en place d'un nouveau cadre institutionnel ayant pour objectif le renforcement de l'UE en tant qu'acteur politique global.
Ce traité met fin à la division en trois piliers (pilier communautaire, politique étrangère et de sécurité commune, justice et affaires intérieures) qui structurait jusqu'alors le fonctionnement de l'UE et met à disposition du Haut Représentant un Service européen pour l'action extérieure [SEAE]. La Commission et le Conseil travaillent ainsi en plus étroite coordination. L'objectif est alors de mettre en œuvre une approche globale recouvrant l'ensemble du spectre de gestion de crise et rassemblant l'ensemble des moyens de l'Union en la matière.
De nouvelles coopérations
Le traité de Lisbonne prévoit également le recours à des coopérations entre un nombre restreint d’États membres en matière de défense:
Ces nouveaux mécanismes permettent des avancées concrètes et dynamisent l'ensemble du processus tout en permettant la poursuite de l'élargissement.
L'introduction de deux nouvelles clauses : les clauses d'aide et d'assistance mutuelle et de solidarité
Avec le traité de Lisbonne, le rôle de la PSDC est renforcé par l'introduction d'une clause d’aide et d’assistance mutuelle (art. 42§7 TUE). Le traité prévoit qu' « au cas où un État membre serait l'objet d'une agression armée sur son territoire, les autres États membres lui doivent aide et assistance par tous les moyens en leur pouvoir, conformément à l'article 51 de la charte des Nations unies ». Il est néanmoins précisé que l'Organisation du traité de l'Atlantique Nord reste, pour les États qui en sont membres, le fondement de leur défense collective et l'instance de sa mise en œuvre.
Enfin, une clause de solidarité assigne le devoir à chaque État membre de porter assistance, par tous les moyens (y compris militaires), à un État membre touché par une attaque terroriste ou une catastrophe naturelle ou d'origine humaine. Cette disposition ouvre pour la première fois la possibilité d'avoir recours aux moyens de la PSDC sur le territoire d'un État membre.