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Il assiste le ministre de la défense, auquel il est directement rattaché, pour la direction de la gestion de son ministère. Il s'assure de l'adéquation des structures et des moyens aux missions des armées, de l'opportunité des décisions et de l'efficacité des résultats obtenus au regard des objectifs fixés et du bon emploi des deniers publics. Il vérifie dans les armées et les services du ministère l'observation des lois, des règlements et des instructions ministérielles.
Il veille à l'intérêt général tout en protégeant les droits des personnes.
Les membres militaires du corps de contrôle sont totalement indépendants de la hiérarchie militaire et agissent dans leurs investigations comme délégués directs du ministre. Leurs travaux reposent sur un principe fondamental : le contrôle direct des faits, sur pièces et sur place. Le CGA, qui détient de larges attributions, jouit ainsi d'une grande liberté pour mener à bien sa mission