Une assemblée plénière ouvre les travaux de chaque session en septembre, une autre en permet la restitution au ministre au mois de juin. Une troisième, en janvier, permet de faire, à mi-parcours, un point de situation générale et d’écouter un conférencier de renommée sur un thème rejoignant les préoccupations de la Commission. Par ailleurs, des visites dans des formations des forces armées et des organismes de la Défense permettent de rester au contact des réalités du terrain.
La Commission est présidée par un officier général de haut rang.
Elle est animée par un secrétariat général permanent, chargé de l’organisation et l’animation des différentes activités.